三周目是玩家在完成一周目和二周目后开启的新游戏阶段，虽然整体流程与前两周目相似，但隐藏内容和神兽捕捉是主要差异点。三周目开始时需要前往大木博士处将图鉴升级为386版，这是开启后续岛屿探索的关键步骤。获得升级图鉴后，玩家需乘船前往火焰山，在山洞内推动石头获取红宝石并交还给博士，从而获得前往七座岛屿的船票。
四号岛是首个重要目的地，下船后会遇到劲敌小茂但不会触发战斗。商店旁的房屋内可进行精灵培育，右侧冰洞需注意冰面滑动机制，借助石头改变方向前进。洞穴深处会遇到冰天王和火箭队成员，战胜后获得登瀑布技能。在岛屿瀑布处使用该技能可找到冰天王进行对战，胜利后获得进入五号岛的口令。五号岛左上角使用冲浪会遇到NPC赠送波可比的蛋，继续前进进入小岛山洞迷宫需收集五个道具，完成后被女孩带回家即可解锁六号岛。
六号岛需用斩树术开启南边大门，内部剧情触发后获得蓝宝石并遭遇火箭队抢夺。返回博士处上交蓝宝石修理机器，随后前往七号岛南面捕捉安侬。华蓝市左侧山洞深处可捕捉超梦，这是三周目重要神兽之一。八号岛山洞内分布着凤凰与洛奇亚两只传说宝可梦，需注意岔路口选择。九号岛需解谜三角形机关直至变红，触发震动后30级迪奥西斯会出现，这是三周目特有的隐藏精灵。
三周目核心在于全面探索新增岛屿区域，每座岛屿都设有独特机制和宝可梦分布。火焰山红宝石与六号岛蓝宝石的收集是推进主线的基础，而各岛屿隐藏洞穴中的传说宝可梦则是终极目标。建议在探索过程中随时保存进度，部分迷宫设计需要反复尝试才能通过。战斗方面推荐携带具备冲浪、怪力、登瀑等秘传技能的宝可梦以应对复杂地形。最终阶段建议按岛屿顺序系统推进，避免遗漏关键道具。所有神兽捕捉前应准备足够的高级球和状态异常技能，部分传说宝可梦仅有单次捕捉机会。完成全部岛屿探索后，三周目内容即告完结，玩家将收集到绝大多数可用宝可梦，图鉴完成度达到游戏最高阶段。
