火箭队仓库的入口位于游戏厅内部，需要通过特定路径进入。首先前往游戏厅，从内部楼梯下到地下一楼，继续向下进入地下二楼。此处会遇到一名火箭队成员，击败他后上方会出现通往地下四层的通道。地下四层有更多火箭队成员，战胜后可获得仓库钥匙。返回地下二层，右侧有传输带迷宫，穿过迷宫后再次击败火箭队成员，通过楼梯找到红色电梯门，按下四楼按钮即可抵达仓库核心区域。
进入某些岛屿的火箭队仓库需要输入特定密码。第一个密码多多少少、少少多多需在灯火山击败火箭队成员后获得，第二个密码大大小小、小小大大需在点之穴从澄夫处获取。五之岛仓库需先完成不归之穴与秋穗的战斗，六之岛需穿过标志林和遗迹山谷，在点之穴底层遭遇火箭队研究员夺取蓝宝石后才会获得完整密码。获得密码后返回五岛即可正常进入仓库区域。
仓库内部结构分为多层，包含地下一至四层，其中地下三楼并非仓库区域。每层均设有火箭队成员把守，战斗难度适中但需注意异常状态战术。建议携带解毒药、解麻药等辅助道具。地下四层为关键区域，击败守卫可获得重要道具钥匙卡，该物品用于开启后续通道。传输带区域需按固定路线行进，错误选择会导致返回起点。
二周目剧情中，火箭队仓库与七岛任务线紧密关联。完成灯火山红宝石任务后，需依次解决四岛冰洞事件、五岛仓库密码问题、六岛蓝宝石争夺等系列任务。最终返回一岛网络中心交付宝石可解锁全岛通行权限。仓库探索期间可能遭遇70级超梦等特殊精灵，建议队伍等级达到65级以上再尝试挑战。整体流程需注意多次往返不同岛屿的步骤逻辑。从初始获取船票、解决设备故障，到最终剿灭火箭队残余势力，各环节存在明确先后顺序。仓库密码获取与道具收集过程涉及多个地图区域，建议随时记录关键信息。完成全部任务后，游戏将开放华蓝洞窟等二周目专属区域。
