组织徽章是用来兑换高级忍者碎片的资源，高级要塞徽章和普通要塞徽章的兑换也会用到它。或者组织徽章的方式有很多，最主要的玩法就是组织活动。每周六的要塞争夺战一定要参与，成功占领要塞的组织成员可以获得含有银徽章的宝箱，组织首领还能每天分配5个普通宝箱给成员。建议玩家优先加入活跃度高、实力强的组织，这样更容易在要塞战中取胜并稳定获得徽章。
跨服要塞战是获取金徽章的主要途径，只有获得资格的组织才能参与。这类活动通常在每月举办，即使没有取胜，参与也能获得奖励宝箱。跨服要塞战奖励的宝箱内容会更丰厚，组织首领每周还可以分配5个跨服宝箱。所以平民或者新手玩家一定要积极参与这些活动，这些都是积累徽章的关键玩法。除了要塞战组织首领每日祈福和叛忍来袭等活动也会产出少量的徽章。叛忍来袭活动结束后，组织成员可以领取包含功勋的宝箱，这些功勋可以在组织商店兑换部分资源。
体验服玩法可以参与集结阶段挑战，打满次数就能获得30个要塞徽章，进入第二阶段的组织成员还能获得高级要塞徽章。组织商店中可以用10个高级要塞徽章兑换1个S级忍者碎片，每周最多兑换6个碎片。优先选纲手与仙人自来也这种战力强的，按照这个进度兑换1个完整的S忍者需要半年时间。
